Under 1800-talet revs många äldre medeltida träkyrkor. Befolkningstillväxt och kyrkoidealen efterfrågade nya och större kyrkobyggnader. På 1840-talet var det aktuellt även i Södra Råda att ersätta den gamla träkyrkan med en modern kyrka i sten. Timmerkyrkans och inte minst målningarnas kulturvärden fick samtidigt nationell och internationell uppmärksamhet genom den svenske folkloristen och konstnären Nils Månsson Mandelgren. En ny stenkyrka invigdes i Södra Råda 1859, och den gamla timmerkyrkan köptes året därpå av Kungliga Vitterhetsakademien, avkonsekrerades och kom så att bli Sveriges första museikyrka. 1975 överlät Kungliga Vitterhetsakademien Södra Råda gamla kyrka till staten, att förvaltas genom Riksantikvarieämbetet.
2001 brann timmerkyrkan ned till grunden i ett pyromandåd. Kyrkans dåvarande ägare Riksantikvarieämbetet beslutade att den skulle rekonstrueras ”som ett pedagogiskt exempel för att ge nytt hantverkskunnande och kunskap om vår medeltida historia.” Efter branden gjordes utgrävningar och förundersökningar innan byggnadsarbetet startade 2006. Rekonstruktionen har drivits som ett forskningsprojekt med den centrala frågan: Hur gick det till att bygga en kyrka i trä på medeltiden?